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从历史上看，“神仏分離”一词指的是明治政府(1868-1912)的政策，即分离神道教和佛教，以重新确立神道教信仰所规定的天皇的神圣地位。明治政府的一些成员受到国学的影响，这是江户时代兴起的本土主义学术运动，侧重于日本古典文学，而不是佛教、儒家和中国文献。尤其是国学四大之一平田笃胤(1776-1843)，他梦想建立一个以神道教为主导的政府，以传奇的神武天皇的统治为蓝本。本土主义者开始分离神道教和佛教，自平安时代(794-1185)早期以来，两者已部分融合。
废佛焚烧佛经（来源不明） 。 这种融合被称为神佛合（神仏習合），始于6世纪佛教的出现。佛教非但没有取代神道教，反而被同化，佛教寺庙和神道教神社被附属为神社寺庙或寺庙神社。虽然当地信仰并未与新宗教完全融合，但两者是联系在一起的，神通常被视为佛陀的化身。天台宗（“山王一实神道”）和真言宗（“两部神道”）中的一些融合佛教运动走得更远。它不仅统一了神和佛，还统一了宗教概念。
寺庙钟铃的冶炼（田中长根，1907年） 1868年，明治政府颁布了“神佛判然令”，该法令强迫佛教僧侣放弃职位，并规定所有佛像都必须从神社中移除。尽管政府无意废除佛教，但该法令引发了全国性的反佛教运动，被称为废佛毁释。结果，数千座寺庙被关闭，土地被没收，寺庙的钟被冶炼成青铜。在神社和神宫寺（寺庙的神社部分）举行佛教仪式的僧侣（别当）可以选择还俗或成为神道教僧侣。
旧鹤冈八幡寺的药师堂。该堂于19世纪60年代末被拆除。 德川幕府时期，反佛教情绪高涨，这还要归功于檀家制度，即要求每户人家在特定寺庙登记。寺庙将负责所有葬礼、纪念活动和其他服务，以换取报酬和寺庙维护的部分资金。在江户时代，檀家制度退化为一种监视和控制民众的制度，尤其是为了发现隐藏的基督徒和其他不受欢迎的分子。 在一些地区，官方的对抗升级为针对寺庙、雕像和僧侣的全面暴力。据估计，全国范围内有多达40,000座寺庙被摧毁。在一些省份，80%的寺庙被拆除。在长州（现山口县），佛教寺庙几乎不复存在。废佛遗释运动在1871年左右衰落，并导致日本佛教内部出现改革运动。 |
